STR基因特别是CODIS的13个STR基因座,包含在很多商品化试剂盒中,已做了大量的群体多态性调查,建立了相关的数据库,为个体识别和亲子鉴定提供了数据基础。在现有的STR数据基础上,引入SNP单倍型"尾巴",组成SNP-STR,可以提高遗传标记的信息量。但应注意选择的SNP应和STR在同一个单倍型区块,不能横跨突变热点。单倍型一般通过系谱推断、统计学计算或者实验法获得,对于单个个体的单倍型,只能通过实验法。
本研究是通过ASPCR方法获取单拷贝片段,再对单拷贝片段的遗传标记进行分型,最后将分型结果顺序排列组成单倍型。但是,ASPCR方法会出现假阳性的结果,可以通过升高退火温度、降低Mg2+浓度、减少循环次数等方法提高PCR反应的特异性。同时,本研究还通过RFLP方法来确保SNP分型的正确性。但是,整个方法过于繁琐,且本次研究样品量偏少,在下一步的研究中会增加样本量。
随着三代测序平台的出现,例如单分子荧光或纳米孔,可以简化获得常染色体单倍型的过程,在未来可能成为高通量且能得到较长单倍型片段的主流方法。在汉族人群中,CAT、CAC是两种主要的SNP单倍型,在150个单倍型中占了73.3%.对于不同的D18S51等位基因,其尾随的SNP单倍型分布也各不一样:等位基因为13、14时,CAT占多数;等位基因为15、16时,CAC占多数。单倍型区块中SNP个数越多,单倍型种类越多,CSF1PO侧翼区的5个SNP共发现了26种单倍型。
由于SNP突变率极低,多个SNP同时突变的情况接近于零。因此,案例1中孩子的SNP单倍型无法从被检父处找到来源,可以排除被检父为其生物学父亲的可能。如果能找到SNP单倍型来源,可以直接观察孩子的STR突变来自父亲的哪一条染色体。案件2中被检父和孩子有一个相同的SNP单倍型CAT,所以孩子D18S51等位基因18是由被检父的等位基因20滑脱了2个核心序列后产生。将SNP-STR引入PI的计算,简化了公式,同时降低了误判的可能性,较STR可能会有更高的PI值,使CPI达到认定亲权关系的标准。相对于STR,SNP-STR能以较少的数量达到STR同样的效能,而且可以在复杂亲缘关系鉴定中发挥重要的作用,应引起法医学者的重视。